Eldar Namazov 1993-cü ildən 1999-cu ilə qədər Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Katibliyinin müdiri, həmçinin Prezident Heydər Əliyevin müşaviri vəzifələrində çalışıb. 2001-ci ildən “Azərbaycan Naminə” İctimai Forumunun prezidenti vəzifəsində çalışır. Azərbaycanın xarici siyasətinin siyasi təhlilinin aparılması, milli təhlükəsizlik məsələləri, münaqişələrin həlli, ölkədə aparılan siyasi və iqtisadi islahatlar üzrə tədqiqatlar aparır. Eldar Namazov Azərbaycan Milli Məclisinin deputatı olub. Azərbaycan parlament seçkilərindən əvvəl Eldar Namazov 2005-ci ildə “Yeni Siyasət” (Yeni Siyasət – YeS) adlı müxalifət blokunun həmtəsisçisi olub. Eldar Namazov həm də Strateji və Beynəlxalq Araşdırmalar Mərkəzinin təsisçisidir.